- Comienza el juego con un Poliwhirl especial.
- 281 Pokémon atrapables. (Todos los Pokémon de Kanto y Johto, además de extras como Mismagius y Lickilicky)
- División físico/especial
- Revisiones completas de la mayoría de los conjuntos de aprendizaje de nivel superior.
- Se cambian las estadísticas y habilidades de muchos Pokémon para que todos ellos (excepto los Pokémon más sofisticados y del comienzo del juego, como Beedrill y Butterfree) puedan usarse hasta el final del juego.
- Algunos Pokémon han sido reemplazados por sus formas regionales. (Como Persian, Golem y Dugtrio)
- El laboratorio de Cinabrio ahora está en un edificio en la parte inferior derecha de Ciudad Cerúlea (Desafortunadamente, la hoja de sprites del laboratorio en sí no estaba en la de Ciudad Cerúlea, por lo que es un edificio bastante básico). Así que ahora puedes revivir tus fósiles antes.
- Se han añadido un montón de movimientos de generaciones futuras, como Nasty Plot, Poison Jab, Dark Pulse y Liquidation.
- Se ha añadido una buena cantidad de movimientos nuevos completamente personalizados, como Salpicadura de Duna, un movimiento de Esmeralda Brillante, un movimiento de Tierra Física de 80 PB. Además, se han añadido movimientos como Rebanada Estática, Golpe Infernal y Aplastamiento Glacial, equivalentes físicos a Rayo, Lanzallamas y Rayo Hielo, respectivamente.
- Se han realizado algunos cambios en el gráfico de tipos. Consulte la documentación.
- La mayoría de los entrenadores del juego han sufrido cambios para hacerlos más difíciles (IA mejorada, mejores equipos, niveles más altos y más Pokémon).
- Se han realizado varias modificaciones menores en los mapas y se han añadido nuevos mapas para completar la Pokédex y otras tareas. (Hay un lugar de entrenamiento de EV en la Isla Siete y se han añadido islas de evento a través de rutas en el mundo exterior de las Islas Sevii posteriores para conseguir Pokémon como Ho-Oh, Lugia y Deoxys).
- Algunas ediciones de la historia. (Algunos diálogos obligatorios y otros no obligatorios, pero debería ser obvio dónde están los no obligatorios)
Un nuevo objeto llamado Piedra de Intercambio. (Evoluciona Pokémon que evolucionan al ser intercambiados sosteniendo algo. Consulta la documentación para conocer otros cambios en las evoluciones).
- Algunos cambios en la calidad de vida, como hacer que los artículos sean más baratos, los Huevos de la Suerte están a la venta en el Pokémon de Ciudad Verde, se han eliminado algunos árboles cortados como el que bloquea el gimnasio de Erika y todas las MT se pueden comprar en la Isla Siete.
- Los EV se han eliminado por completo del juego principal para complicarlo al poner a tus Pokémon en igualdad de condiciones con los oponentes. (Aún puedes encontrar objetos como Proteínas en el mundo exterior, pero no se pueden comprar, lo que los hace similares a los Caramelos Raros. También existe el mencionado punto de entrenamiento de EV en la Isla Siete).
Nuevos Pokémon:
¡El Pokémon cactus beta ha sido restaurado!
¡Así es! ¡El Pokémon llamado "Cactus" de las betas Roja y Azul llegó para quedarse! ¡Y viene con una preevolución completamente personalizada! ¡Les presentamos a Cactip y al recién nombrado Cactusle!
Cactip: Planta/Acero
HP: 60
Ataque: 70
Ataque especial: 35
Defensa especial: 50
Velocidad: 75
Cactusle: Planta/Acero
HP: 85
Ataque: 95
Defensa: 75
Ataque especial: 60
Defensa especial: 65
Velocidad: 100